O eNotas ainda não retém o ISS (ou outro imposto) automaticamente na nota fiscal.
 
Por outro lado, se você escolheu para sua nota fiscal ser emitida somente após o pagamento, basta aguardar a venda aparecer no eNotas e efetuar a retenção antes da nota começar a ser emitida.

Importante: o valor a ser alterado é o da nota fiscal e não da venda (veja item 4)
  

Exemplo

Se você utiliza a iugu e habilitou a emissão automática após o pagamento, veja como fica:
  

1- Habilitar iugu + emissão automática após pagamento;

2- Fatura criada na iugu foi importada no eNotas;

3- eNotas está aguardando a fatura ser paga para emitir a nota fiscal;


4- Abra a venda no eNotas, edite o valor da NFe para o valor bruto e marque a retenção desejada:


5
- Quando o pagamento for identificado a nota fiscal será emitida no valor bruto com a retenção de ISS habilitada;

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